南科出土文物高達500萬件以上,年代最遠可追溯到5千年前,是台灣史前人類珍貴的遺物。出土工程雖在2009年告一段落,但文物的分析整理,仍日以繼夜繼續進行。由於南科在遠古期是一片海洋,經過長久以來曾文溪淤沙和海岸線變遷,南科古文明得以安然保存在地下1到8公尺深的地下,除了中研院團隊主導搶救計劃,民間奇美企業成立的樹谷文化基金會也成立考古中心,興建小型展示館,舉辦考古教育營,讓考古變成文創的一部份! 南科遺址當初在"經濟開發"和"考古"之間產生衝突,經過文化主管機關及中研院團隊不斷溝通,用最快時間搶救地下文物,南科業者大多願意配合,尊重文資法保存文物的精神,如今南科人以考古為傲,南科出土文物已經有世界遺產的氣魄。這些文物需要有展示和保管的專業場所,因此耗資15億的史前博物館南科分館,預計2016年竣工,2017年開始對外營運;但在台中的史前人類─安和遺址命運大不同,2003年發現,2014年才開挖,這些私地大興土木,地下古文物遭到大量破壞,文資法權限不足,都令考古學者感到遺憾! 水下考古是各國近代興起的文化資產保存,台灣這十年來也致力於水下考古,台灣海域有大量人類文化遺留,包括舊石器時代的遺跡、海上絲路貿易沉船和近代戰爭被擊沉的戰機與船艦,隨著水下考古隊的探索,這些水下文物慢慢被發現,在水下現地保存,立法院更三讀通過水下文化資產保存法,禁止一般民眾水下打撈挖寶。